一、税费税率
物流企业属于部分现代服务业，属于营改增的范围，一般纳税人的税率就是6%，小规模的税率3%。
营改增政策中，物流企业属于“物流辅助服务”范围，年收入额（不含税）在500万元以上为增值税一般纳税人，适用6%的增值税税率，低于500万元，则为小规模纳税人。
物流公司是一般纳税人，如果对商业企业（一般纳税人）抵扣可抵6% 一般纳税人能同时开具增值税专用和普通两种发票。因为是增值税一般纳税人，无论是开增值税专用发票，还是增值税普通发票，其税率都一样为6%，如果有适用不同税率的经营项目，则税率不同。
比如，某物流公司从事物流服务，并提供货物运输，那么，货物运输、物流服务分别适用不同的税率：货物运输11%，物流辅助6%，开票必须按照不同的经营范围分别开票，同时必须对不同税率的项目分开核算，否则，税务部门会按照就高不就低的原则，将税率低的服务项目也按照高税率征税。
二、仓储纳税原则
一般纳税人公司货运增值税税率为11%、仓储、物流增值税税率为6%。
仓储、物流、货运 一般纳税人的公司不仅交纳增值税，同时按照实际交纳的增值税交纳7%的城市维护建设税、3%的教育费附加、2%的地方教育附加，以及按照货物运输合同交纳0.5‰、按仓储保管合同交纳1‰的印花税以及按利润交纳25%的企业所得税。
三、一般纳税人与非一般纳税人的区别
小规模纳税人和一般纳税人的区别：主要区别在于小规模纳税人可开6%的发票,一般纳税人可以开17%的增值税发票。
小规模纳税人的认定范围：小规模纳税人是指年销售额在规定标准以下，并且会计核算不健全，不能按规定报送有关税务资料的增值税纳税人。所称会计核算不健全是指不能正确核算增值税的销项税额、进项税额和应纳税额。
小规模纳税人的认定标准是：
（1）从事货物生产或提供应税劳务的纳税人，以及以从事货物生产或提供应税劳务为主，并兼营货物批发或零售的纳税人，年应税销售额在100万元以下的。
（2）从事货物批发或零售的纳税人，年应税销售额在180万元以下的。年应税销售额超过小规模纳税人标准的个人、非企业性单位、不经常发生应税行为的企业，视同小规模纳税人纳税。
（3）自1998年7月1日起，凡年应税销售额在180万元以下的小规模商业企业，无论财务核算是否健全，一律不得认定为一般纳税人，均应按照小规模纳税人的规定征收增值税。这里的商业企业是指从事货物批发或零售的企业、企业性单位以及从事货物批发或零售为主，并兼营货物生产或提供应税劳务的企业或企业性单位。
对小规模纳税人的确认，由主管税务机关依照税法规定的标准认定。
一般纳税人是指年应征增值税销售额超过小规模纳税人的标准的企业和企业性单位。
1、假定小规模纳税人和一般纳税人都生产同一种产品，所用的原材料一样，销售价格也一样；都是生产并销售含税40万的产品，主要材料成本占销售收入的80％。
2、首先看增值税负担率：
小规模纳税人应交增值税＝40/1.06*6％＝22642元。
一般纳税人：增值额＝40－（40*80％）＝8万。应交增值税＝8/1.17*17％＝11624元。
小规模纳税人比一般纳税人多交增值税11018元。关键是一般纳税人的购入原材料可以抵扣，即他的应交额＝销项税-进项税＝（40/1.17*17％）－（32/1.17*17％）＝58120-46496=11624元，而小规模纳税人却按销售额纳税。
3、按含税销售额计算小规模纳税人的毛利比一般纳税人少11018，但是还没有算一般纳税人在购买原材料以外的支出还能取得增税发票还可以抵扣，如电费、税费、运费等，所以这样算来小规模的毛利就会更小。
4、另外由于小规模纳税人开的发票对方不能抵扣，这直接影响他的销售。
一般纳税人应缴增值税额=销售额*17%-材料采购*17%，小规模纳税人应缴增值税额=销售额*6%，销售额用简称"S"（sale）代替，材料采购用简称"C"（cost）代替。
1、一般纳税人与小规模纳税人应缴增值税额相等的平衡点在：
S*17%-C*17%=S*6%，
移项：
S*17%- S*6%= C*17%，
S*（17%-11%）= C*17%，
S*11%=C*17%，
相除：
S/C=17%/11%，即S/C =1.53
2、计算结果表明：
当S为C的1.53倍的时候，一般纳税人与小规模人纳税人应缴的增值税额是相等的。
3、什么时候一般纳税人比小规模纳税人缴得多？
把S*17%-C*17%=S*6%，
改成S*17%-C*17%>S*6%，
计算结果：
S/C >1.53
4、不考虑进项漏损的答案：
当S超过C的1.53倍以后，一般纳税人比小规模人纳税人缴的增值税额更多；
在S少于C的1.53倍之前，一般纳税人比小规模纳税人缴的增值税少；
在S/C 刚好等于1.53的时候，一般纳税人与小规模人纳税人缴的增值税一样多。
四、考虑进项漏损（有部分采购拿不到进项发票）
小规模纳税人不存在进项抵扣，按照销售额乘6%计算应缴增值税，不需要考虑是否能拿到进项抵扣发表的可能性。一般纳税人要用进项发票来抵扣销项，材料采购能否拿到进项发票对一般纳税人意义非同小可，拿不到进项发票就意味着金钱的流失。现实中，往往有一部分比例的采购拿不到进项发票，假设一般纳税人有N%比例的采购拿不到进项发票，计算过程调整为：
1、此时，一般纳税人与小规模纳税人应缴增值税额相等的平衡点在：
S*17%-C*17%*（1-N%）=S*6%，
移项：
S*17%- S*6%= C*17%（1-N%），
S*（17%-11%）= C*17%（1-N%），
S*11%=C*17%（1-N%），
相除：
S/C=17%（1-N%）/11%
2、计算结果表明：
当S/C=17%（1-N%）/11%，一般纳税人与小规模人纳税人缴的增值税相等，
3、什么时候一般纳税人比小规模纳税人缴得多？
S/C>17%（1-N%）/11%
4、考虑进项漏损的答案：
当S/C>17%（1-N%）/11%，一般纳税人比小规模人纳税人缴的增值税额更多；
当S/C<17%（1-N%）/11%，一般纳税人比小规模纳税人缴的增值税少；
当S/C=17%（1-N%）/11%，一般纳税人与小规模人纳税人缴的增值税一样多。
5、17%（1-N%）/11%=？
取决于一般纳税人进项发票的漏损比例N%是多少。
不管考虑不考虑进项漏损，S/C=17%（1-N%）/11%都是一个一般公式，因为不考虑漏损的情况，其实就是把该公式的漏损比例N%定为0%
而已。
1、S/C超出17%（1-N%）/11%，一般纳税人划算；
2、S/C低于17%（1-N%）/11%，一般纳税人不划算；
3、S/C等于17%（1-N%）/11%，二者没区别。
不过一般纳税人可以让客户感到信任，信誉强。
无论是新办企业，还是老企业扩大规模，经常会遇到选择增值税纳税人身份的问题。选择不好，对税负有较大影响。增值税有两类纳税人，一类是一般纳税人，另一类是小规模纳税人。前者要同时达到销售额符合标准和会计核算健全这两个条件，后者无需受此限制。作为增值税的纳税人，实务中，是当一般纳税人好呢还是做小规模纳税人好呢？
首先，要认识税负平衡点。
现行增值税政策告诉我们：小规模工业企业（含修理修配）的征收率为6％，小规模商业企业征收率为4％。而一般纳税人的实际税收负担率，会因各个具体企业购销情况之不同而相异，有的高于6％或4％，有的也许等于或低于6％或4％。在什么条件下，一般纳税人的实际税收负担率会等于6％或4％呢？这需要抛开千差万别的各个具体的一般纳税人实际情况，纯粹从理论上加以分析和论证。
增值税一般纳税人通用的计税公式是：
应纳税额＝销项税额－进项税额
公式中的销项税额，它等于货物的销售额与税率之乘积；进项税额，一般来讲，其主要的部分是货物的购进额与税率之乘积（至于支付运费扣税问题，因其数量小，权且不作考虑）。于是，在该商品进销两个环节税率相同的情况下：应纳税额＝（销售额－购进额）×税率。
货物的购进额又怎么确定呢？由于是纯理论分析，所以我们就假设所有购进的货物全部都销售出去了，这时，购进额应当同销售成本相一致（其他费用权且不作考虑）。公式为：商业应纳税额＝（销售额－商品销售成本）×税率＝商品销售毛利×税率。
申请一般纳税人的好处：
1、可以开具税率为17%的增值税发票；
2、可以享受出口退税（在国内采购并取得17%的进项增值税发票的，按13%退税）；
3、可以享受免、抵、退税；
4、免税：出口免税，免征增值税。
五、新成立的运输物流公司，缴11%的增值税，还需要缴其他税的。
按月缴纳的：
1、增值税（小规模纳税人税率为3%，一般纳税人税率为11%）
2、城建税（增值税+营业税+消费税）纳税额*适用税率，这里的适用税指纳税人所在地市区的税率为7%，在县城、镇、大中型工矿企业不在县城、镇的税率为5%，不在市区、县城、镇的税率为1%
3、教育附加费（增值税+营业税+消费税）纳税额*3%
4、地方教育费附加（增值税+营业税+消费税）纳税额*2%
5、水利建设基金（按照销售收入的0.1%来计提和交纳）
6、企业所得税（利润总额*25%） 。新所得税法规定法定税率为25%，内资企业和外资企业一致，国家需要重点扶持的高新技术企业为15%，小型微利企业为20%，非居民企业为20%。
7、印花税 按购销金额0.3‰
按年缴纳的：
8、车船使用税
9、房产税
10、土地使用税
本文来源于网络，如有疏漏，欢迎批评指出。
